Siamo nell’anno 2014 e la fazione ribelle messicana, fedele al generale insorto, è ritornata alla carica, scatenando un conflitto su larga scala contro i fedeli del Presidente (che sta dalla parte degli Stati Uniti e dunque, come spesso accade nei videogiochi, dei "buoni"): il risultato è una vera e propria guerra civile che in breve si espande su tutto il territorio del Messico. E la minaccia non è circoscritta solo all’interno di esso, giacché i guerriglieri hanno intenzione di sferrare un attacco sul suolo degli stessi USA, concentrando le forze sul confine meridionale del Texas (dove in questo ipotetico futuro si trova una lunga parete divisoria tra USA e Messico) e prendendo di mira la città di El Paso. Di fronte a una tale critica situazione i “fantasmi” sono costretti a tornare in azione, portandosi dietro tutto il loro arsenale tattico per far fronte al nemico: di nuovo nei panni del comandante Scott Mitchell, il giocatore dovrà sventare il pericolo di un attacco ai danni degli USA e cercare di mettere a tacere una volta per tutte la ribellione dei militari ribelli messicani, facendo ovviamente ricorso a tutto l’armamentario futuristico a disposizione dei reparti speciali “Ghost”, il tutto con solo 72 ore a disposizione. Rispetto al primo capitolo, il conflitto in atto durante questo secondo appare decisamente di scala più vasta, cosa che con molta probabilità si ripercuoterà sulle tattiche di battaglia da seguire: ci troveremo davanti un nemico più agguerrito, organizzato e di dimensioni maggiori, che comporterà scontri a fuoco più intensi ed estesi, rispetto alla guerriglia urbana del predecessore.