Durante la serie Fate, coppie di Master e spiriti eroici - noti anche come Servant - si sono scontrate nel corso della storia in una serie di Guerre del Santo Graal, in cui la coppia vincitrice ha sempre ricevuto un antico artefatto in grado di esaudire i desideri. Fate/Samurai Remnant continua l'epica Guerra del Santo Graal nel quarto anno dell'Era Keian, nel Giappone del Periodo Edo.

Sono passati diversi decenni dalla fine di un'epoca turbolenta e intrisa di spargimenti di sangue e, mentre la popolazione si gode finalmente la pace e la tranquillità, una battaglia tra sette coppie di Master e i loro Servant sta per iniziare, mentre il "Rituale della Luna Crescente" si svolge nell'ombra. È qui che il protagonista del gioco, Miyamoto Iori, un giovane di Asakusa, si ritrova coinvolto nella violenza insieme al suo Servant Saber, mentre lottano per essere la coppia vincitrice e ricevere l’oggetto in grado di esaudire i desideri, il "Vessillo della Luna Crescente".